В 21 веке свирепый вирус уничтожил большую часть человечества, а оставшихся в живых заставил изолироваться в одном-единственном городе, защищённом специальным куполом. Именно там действует таинственный агент Эон Флакс, мотивы которой необъяснимы и чьей главной целью является видный политический деятель.
